在2017年年报中曾披露了基因测序方面信息，目前公司研发的基因测序仪是国内第一台能够达到和部分超越国际主流设备技术指标的国产化第二代测序仪，且成本低于进口设备1/2以上，应用成本低于进口设备的1/3以上。基因测序的技术团队为中科院北京基因组研究所核心团队。
紫鑫药业2013年曾公告称，携手中科院基因组研究所共同注资子公司吉林中科紫鑫，但据中科紫鑫工商信息，中科院基因组研究所却没上股东名单，中科紫鑫唯一股东是紫鑫药业。
投资数千万测序仪专利之惑
中科院基因所否认曾以专利增资
在紫鑫药业“中成药、人参产业、基因测序仪”三大产业中，站在风口上的基因测序仪最为引人注目。
2013年10月，紫鑫药业发布了“关于公司拟与中国科学院北京基因组研究所签订测序仪项目产业转化投资意向书”的公告。
据公告，2013年10月，紫鑫药业及中科院基因组研究所共同对紫鑫药业全资子公司中科紫鑫进行增资，其中紫鑫药业以货币方式增资，基因组研究所以经评估的“用于DNA测序仪的可二维调整的CCD相机支撑装置”等9项专利的专利权/专利申请权为其所属部分进行投资，增资完成后，中科紫鑫负责基因测序仪、基因测序仪配套试剂、检测试剂盒的研发、生产、销售。
根据天眼查目前披露的工商资料信息，吉林紫鑫药业股份有限公司是吉林中科紫鑫科技有限公司的唯一股东，持股100%，中科院基因组研究所并未持股。
2013年10月确曾与紫鑫签过一个关于开发二代测序仪的投资意向协议，但后续并未签订过具体合作协议，也未达成实质合作。基因组研究所表示，并未向紫鑫转让过专利或以专利作为出资。
在此过程中，紫鑫药业2014年年报也显示，基因测序的技术团队为中科院北京基因组研究所核心团队，多年来从事基因组学与生物信息学基础研究和应用开发工作，具备充分的技术服务专业基础，技术已经达到国际一流水平。虽然基因测序仪项目尚处研发试生产阶段，不能为公司贡献利润，但公司相信也有决心在未来，基因测序仪产业将成为公司重要利润点增长之一。
2014年报数据显示，2014年报告期内新增的基因测序仪开发支出为311.05万元，2015年新增的基因测序仪开发支出2086.19万元，2016年新增的基因测序仪开发支出为830.87万元，2017年该数据表现为347.93万元，合计为3576.04万元。
在2017年年报中紫鑫称，目前公司研发的基因测序仪是国内第一台能够达到和部分超越国际主流设备技术指标的国产化第二代测序仪，且成本低于进口设备的1/2以上，应用成本低于进口设备的1/3以上；基因测序的技术团队为中科院北京基因组研究所核心团队，多年来从事基因组学与生物信息学基础研究和应用开发工作，具备充分的技术服务专业基础，技术已经达到国际一流水平。
对此，上海华勤基信律师事务所张异律师表示，如果基因测序仪的技术团队并非中科院基因研究所，双方就基因测序仪并无任何实质性合作，那紫鑫药业2016年的年报就属于不实披露。
紫鑫称样机“经过试用”
药植所称公司并未提供机器设备
在样机试用方面，紫鑫药业的表述也与所宣称的合作方说法有出入。
紫鑫药业
业绩连续遭遇“纸面富贵”
4月3日，在延期披露年报之后，紫鑫药业2017年年报出炉。2017年报数据显示，报告期内紫鑫药业实现营业收入13.27亿元，较上年同期增长61.95%，归属于上市公司股东的净利润3.72亿元，较上年同期增长127.73%，不过，其经营活动产生的现金流量净额-13.21亿元，较上年同期下降469.48%。而在2016年年报中，公司也遭遇了类似纸面富贵：公司2016年归属净利润1.63亿，同比增长312.12%，不过经营活动产生的现金流量净额为-2.319亿，同比下降206.70%。
紫鑫药业2017年年报立即引得深交所问询，要求紫鑫药业详细说明净利润与营业收入变动不匹配的原因，并详细说明经营活动产生的现金流量净额大幅下滑且与净利润变动相背离的原因及合理性。
这与其人参相关存货息息相关，紫鑫药业在回复问询函时称，经营活动现金流量净额为负主要原因为采购原材料支付现金所致。
截至2017年末，在66.65亿的流动资产中，其存货高达48.33亿，相比2016年激增21.6亿元，占流动资产的72.51%，占总资产的比重为54.43%，存货中，人参种苗1151.7万元、林下参29.94亿元。
存货高企，巨额的经营活动现金流出，导致紫鑫药业的借款增多，2017年报告期末，紫鑫药业的有息负债为40.28亿元，其中短期借款29.91亿元，相比2016年的19.77亿元，增长10亿元，增长51%。一年内到期的非流动性负债0.78亿元，短期债务30.69亿元。
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